L'insieme di edifici dello stabilimento per la pilatura del riso, divenuto tristemente famoso per essere l'unico campo di sterminio sul territorio italiano, venne costruito nel 1913 nel quartiere periferico di San Sabba a Trieste. Gli edifici non più adibiti ad uso industriale, vennero requisiti ed utilizzati all'occupatore nazista come campo di prigionia provvisorio per i militari italiani catturati dopo 1'8 settembre 1943 con il nome di Stalag 339. Verso la fine di ottobre, sempre del 1943, esso venne strutturato come Polizeihaftlager (letteralmente campo di detenzione di polizia), destinato sia allo smistamento dei deportati in Germania ed in Polonia, sia come deposito e smistamento dei beni razziati, nonché successivamente per la detenzione ed eliminazione di partigiani, detenuti politici ed ebrei.

Subito dopo l'ingresso della Risiera, in una specie di sottopassaggio, si affaccia la prima stanza posta alla sinistra di chi entra era chiamata "cella della morte", in quei locali angusti venivano ammucchiati i prigionieri, che giungevano dalle carceri o che venivano catturati in rastrellamenti non solo a Trieste, ma anche in Veneto ed in Slovenia e destinati ad essere eliminati nel giro di poche ore. Secondo testimonianze dei pochi sopravvissuti, spesso i prigionieri venivano a trovarsi in quelle celle assieme a cadaveri destinati alla cremazione. Al pianterreno dell'edificio si trovavano, i laboratori di sartoria e calzoleria, dove venivano impiegati i prigionieri. Sempre nello stesso plesso erano ospitate le camerate per gli ufficiali e i militari delle SS ma anche le diciassette minuscole celle, in ognuna delle quali venivano stipati fino a sei prigionieri, in tali angusti locali, partigiani, politici, ebrei, aspettavano per giorni, talvolta per settimane, il compiersi del loro drammatico destino. Nelle prime due celle venivano torturati i prigionieri e spogliati di ogni loro avere, qui sono stati rinvenuti migliaia di documenti d'identità che venivano sequestrati non solo ai detenuti ed ai deportati, ma anche ai lavoratori inviati al lavoro coatto (tutti questi documenti, prelevati dalle truppe jugoslave che per prime entrarono nella Risiera furono trasferiti a Lubiana, dove sono attualmente conservati presso l'Archivio della Repubblica di Slovenia). Le porte e le pareti delle celle erano ricoperte di graffiti e scritte andate purtroppo perdute. Ne restano a testimonianza i diari dello studioso e collezionista Diego de Henriquez, (attualmente appartenenti alle Collezioni de Henriquez), che ne fece un'accurata trascrizione. In un altro edificio a quattro piani venivano rinchiusi in camerate, gli ebrei e i prigionieri civili e militari, anche donne e bambini, destinati alla deportazione in Germania nei campi di Dachau, Auschwitz, Mauthausen, verso un tragico destino che solo pochi hanno potuto evitare.

Nel cortile interno della Risiera in prossimità delle celle, sull'area oggi contrassegnata da una piastra metallica, sorgeva l'edificio destinato alle eliminazioni, la cui sagoma è ancora visibile sul fabbricato centrale. All'interno di questo edificio vi era il forno crematorio. L'impianto era interrato, vi si accedeva attraverso una scala metallica ed un canale sotterraneo, il cui percorso è oggi pure segnato dalla piastra d'acciaio e univa il forno vero e proprio alla ciminiera. Sull'impronta metallica della ciminiera sorge oggi una scultura costituita da tre profilati metallici che simboleggiano la spirale di fumo che usciva dal camino. I nazisti, dopo essersi serviti, fino al marzo 1944, dell'impianto del preesistente essiccatoio, lo trasformarono in forno crematorio secondo il progetto di Erwin Lambert, un vero "esperto" nella costruzione di forni crematori, La risiera così fu in grado di incenerire un numero maggiore di cadaveri. Questa nuova struttura venne collaudata il 4 aprile 1944, con la cremazione di settanta cadaveri di ostaggi fucilati il giorno prima nel poligono di tiro di Opicina. Nella notte fra il 29 ed il 30 aprile dopo oltre un anno di utilizzo intensivo l'edificio del forno crematorio e la ciminiera vennero fatti saltare con la dinamite dai nazisti in fuga per eliminare le prove dei loro crimini, secondo una prassi seguita in altri campi al momento del loro abbandono. Tra le macerie del forno furono rinvenute ossa e ceneri umane raccolte in sacchi di quelli usati per il cemento. Tra le macerie fu inoltre rinvenuta una mazza di ferro, la cui fotografia è ora esposta nel Museo, dato che l'originale è stato trafugato nel 1981, utilizzata per uccidere i prigionieri. Venivano usati diversi tipi di esecuzione, le ipotesi sono varie e probabilmente tutte fondate: strangolamento, gassazione in automezzi appositamente attrezzati, colpo di mazza alla nuca o fucilazione. Non sempre però il prigioniero moriva subito, per cui il forno ingoiò anche persone ancora vive, le cui grida venivano coperte dal fragore di motori, da latrati di cani appositamente aizzati, o da musiche. Il fabbricato di sei piani, ora occupato dal Museo, fungeva da caserma con gli alloggi per i militari germanici, per quelli ucraini e per le milizie italiane. L'edificio oggi adibito al culto, senza differenziazione di credo religioso, al tempo dell'occupazione serviva da autorimessa per i mezzi delle SS.

In quel locale stazionavano anche i neri furgoni delle SS con lo scarico collegato all'interno mediante un tubo rimovibile, usati per la gassazione delle vittime. All'esterno, a sinistra nel piccolo edificio, ora adibito ad abitazione del custode, vi era il corpo di guardia e l'abitazione del comandante. A destra, nella zona attualmente sistemata a verde, esisteva un altro edificio a tre piani, con uffici, alloggi per sottufficiali e per le donne ucraine. Secondo calcoli effettuati sulla scorta delle testimonianze, il numero delle vittime cremate in Risiera è oscillante tra le tre e le cinquemila persone. Ma un numero ben maggiore di prigionieri sono passati dalla Risiera e smistati nei lager o al lavoro obbligatorio. Gente di nazionalità , credo religioso e politico diverso furono accomunati da un destino crudele, bruciarono nella Risiera o vennero deportati per un viaggio quasi sempre senza ritorno.