La conduzione disastrosa delle campagne di guerra per l'esercito italiano, lo sbarco in Sicilia delle truppe americane, i continui bombardamenti e le difficoltà crescenti per la popolazione civile, affrettano in maniera considerevole la crisi del fascismo, il 25 luglio del 1943 nel corso della riunione del Gran Consiglio, Benito Mussolini, messo in minoranza, viene costretto a lasciare il Governo ed in conseguenza di ciò, Vittorio Emanuele II nomina capo del governo Pietro Badoglio. Il 5 Settembre in segreto gli alleati ed il Governo italiano, perfezionano l'accordo per il cessate il fuoco, l'armistizio viene quindi comunicato l'8 Settembre, buttando nello smarrimento e nel caos, l'esercito italiano e dando così la possibilità, alle non ancora imponenti forze tedesche di occupazione, di prendere in mano la situazione. I tedeschi si trovano così ad aver in mano quasi senza alcuna resistenza il centro nord d'Italia e decidono di liberare Mussolini dalla sua prigionia sul Gran Sasso . Il 23 Settembre viene fondata la Repubblica Sociale Italiana che estende la propria giurisdizione all'Italia Centro Settentrionale, occupata dalle truppe naziste. Il Partito Fascista Repubblicano nel Novembre del 1943 riunito a congresso, emana il "Manifesto di Verona", il programma su cui si basa la neocostituita Repubblica Sociale Italiana.

Inizia così il periodo più oscuro dell'occupazione nazista in Italia. In questo contesto il Friuli Venezia Giulia regione dell'estremo nord est della penisola , cessa di far parte dello Stato Italiano, diventando territorio direttamente amministrato dal terzo Reich. I tedeschi infatti costituiscono ed annettono al Reich la Adriatisches Kùstenland (Litorale Adriatico) che comprende le province di Udine, Trieste, Gorizia, Pola, Fiume e Lubiana, un territorio vasto dall'Alto Adriatico al Bacino del fiume Sava. Hitler nomina governatore della Adriatisches Kustenland, il carinziano Friedrich Rainer che assume pieni poteri il 1 ottobre del 1943. Questo commissario nazista, in breve tempo, sottopone al controllo diretto dei suoi uomini i Prefetti delle provincie ex italiane e i Podestà dei comuni, affiancandoli con i cosiddetti "consiglieri" ed usando ogni metodo repressivo per sedare qualsiasi protesta interna od esterna alle istituzioni. Rainer prende anche il comando diretto delle varie milizie territoriali presenti nella vasta area: milizie italiane, croate e slovene. Queste milizie con diverse denominazioni, passano alle dipendenze dirette delle SS e si macchieranno, al pari delle truppe naziste di occupazione, di crimini orrendi. Le milizie fasciste assumono il nome di Milizia Difesa Territoriale ed i vari raggruppamenti di polizia vengono utilizzati nelle operazioni di rastrellamento. Fra i reparti di polizia tristemente famosi, l'Ispettorato Speciale di Pubblica Sicurezza per la Venezia Giulia, agli ordini dell'Ispettore generale Giuseppe Gueli, la cui sede era presso "Villa Triste" in via Bellosguardo a Trieste. Questo raggruppamento di polizia, creato nell'aprile del '42, con lo specifico compito di controllo della classe operaia nelle grandi fabbriche, di repressione della guerra partigiana e della Resistenza, diviene tristemente noto, nella sua sezione operativa, come "Banda Collotti" dal nome del suo comandante, il Commissario Gaetano Collotti, e proseguì il "suo servizio" anche dopo l'8 settembre fornendo ai tedeschi una preziosa e fattiva collaborazione contro gli antifascisti e nella cattura degli ebrei, grazie alla conoscenza del territorio ed agli informatori sui quali poteva contare. Prima della seconda guerra mondiale, gli ebrei triestini erano cinquemila, ma a seguito delle leggi razziali fasciste del '38 con l'istituzione anche a Trieste di uno dei famigerati "Centri per lo studio del problema ebraico" (erano quattro in tutta Italia), molti riuscirono ad emigrare all'estero. Nonostante ciò i nazisti riuscirono a deportare nei campi di sterminio oltre settecento ebrei triestini. Di questi solo una ventina sopravvissero. Nella Risiera accanto agli ebrei triestini furono imprigionati e poi deportati, moltissimi ebrei catturati in Veneto, Friuli, Fiume e Dalmazia. Dopo l'8 Settembre dunque, Il ferreo controllo poliziesco, la repressione politica, quella razziale ed antipartigiana vengono affidati alla supervisione delle SS, il cui comandante Odilo Lotario Globocnik, triestino di nascita, legato ad Himmler e già organizzatore dei massacri di due milioni e mezzo di ebrei in Polonia (Aktion Reinhard), si insedia a Trieste con un nutrito seguito uomini di fiducia, dei veri "professionisti della morte" esperti distintisi in modo sinistro nelle varie operazioni di sterminio in Germania, Polonia, Unione Sovietica e nei campi della morte polacchi di Belzec, Sobibor e Treblinka. Con Globocnik arrivano a Trieste gli uomini del Einsatzkommando Reinhard, ben 92 specialisti tra i quali numerose SS ucraine, sia uomini che donne. Gli Einsatzgruppen o Einsatzkommandos erano reparti speciali creati allo scopo di "condurre la lotta contro i nemici ostili al Reich alle spalle delle truppe combattenti" e di svolgere compiti di particolare "impegno" per l'attuazione della politica di occupazione, repressione e sterminio praticata dal terzo Reich nei territori invasi. Questi gruppi, dipendevano dallo "RSHA", cioè dall'ufficio centrale della polizia di sicurezza del Reich (Reichssicherheitshauptamt) a sua volta dipendente dal Ministero degli Interni alla cui testa era il Reichsfùrher SS e ministro Einrich Himmler. Pochi giorni dopo l'8 settembre, arriva a Trieste con alcuni suoi uomini che avevano partecipato alla Aktion Tiergarten 4, cioè, fin dal 1939, all'eliminazione dei "malati inguaribili" tedeschi e successivamente di prigionieri dei campi di concentramento segnalati come "inguaribili" con false certificazioni dei medici di campo.

L'Einsatzkommando Reinhard costituisce territorialmente diversi uffici contrassegnati dalla sigla R. Il gruppo che opera a Trieste, ha la sigla R1, quello che opera a Udine la sigla R2 quello di Fiume la sigla R3. La sigla è impressa sui documenti e sulle celle della Risiera. Il primo comandante dell'Einsatzkommando a Trieste è Christian Wirth; dopo l'uccisione di Wirth in un'imboscata partigiana a Erpelle il 26 maggio del '44 gli subentra August Dietrich Allers. Il braccio destro di Allers e comandante della Risiera sarà Joseph Oberhauser. La presenza di un tale "staff" eccezionale per responsabilità organizzative nella politica di sterminio in Europa nel "Litorale Adriatico" è giustificata dall'estrema importanza che tale territorio aveva per il Reich. Il litorale è l'ultima conquista europea dell'imperialismo nazista, Trieste, l'Istria e il Friuli sono una piattaforma economica e politica dell'espansionismo germanico nel Sud Europa e nell'area mediterranea e sono nel contempo una "cerniera" strategica essenziale tra il settore balcanico, sconvolto dalla guerra partigiana e minacciato dall'avanzata sovietica, il fronte italiano e la Germania meridionale.